Menacés par la guerre civile, la famine et la destruction complète, les seeliens supplièrent la Grande Déesse de les sauver. Et celle-ci finit par prêter une oreille compatissante : elle décida de tuer à grands coups d'éclair plusieurs millions d'humains rétifs à sa parole.
Elle envoya ensuite dans le cybermonde un ange de sa création, du nom de Kaworu. Celui-ci se fit reconnaître comme l'envoyé de la Grande Déesse et se saisit du pouvoir en Théocratie Seelienne.
Kaworu prit alors le titre de Celui qui Guide, qui désigna depuis tous les prophètes seeliens. Les fidèles seeliens, galvanisés par la présence de Kaworu, le suivirent comme un seul homme et abdiquèrent toute volonté pour le suivre aveuglément.
L'ensemble de cette intervention de la Grande Déesse est connu sous le nom de Second Impact.
Celui qui Guide décida de restaurer le Culte de la Grande Déesse dans sa plénitude. Au prix d'énormes sacrifices, une basilique dédiée à la Grande Déesse fut construite au coeur de Tokyo-3. Celui qui Guide redonna confiance aux seeliens; ceux-ci, fanatisés à l'extrême, déployèrent d'immenses efforts afin de redresser leur pays.
Le Culte de la Grande Déesse fut proclamé religion d'état et unique culte accepté. Tous les hérétiques furent contraints d'abjurer leurs croyances ou de quitter le pays.
Sous l'égide de leur guide, les seeliens repoussèrent les armées brunes venues détruire leur pays. L'Empire Brun fut même contraint de demander une trêve humiliante afin d'éviter une défaîte majeure. La nouvelle puissance de la Théocratie lui permit également de rejeter définitivement toute tentative de protectorat de la part de Kraland, bien que les deux empires restèrent en bons termes.
Les palais et temples furent reconstruits. Les pauvres nourris, les malades soignés et guéris. L'économie redressée. Et surtout la Théocratie Seelienne se lança dans la recherche technologique afin de surclasser les empires rivaux. A la fin du règne de Kaworu, la Théocratie était devenu la première puissance cybermondiale.